Są one pogrupowane w kolekcję, która składa się z trzech części: kolekcji muzealnej, kolekcji promocyjno-badawczej oraz kolekcji komercyjnej. Fundusz Zbiorów Muzealnych (FKM) ma ogromną wartość, a wina w nim zgromadzone są unikatowe. Wstępne kredytowanie ICF odbywa się w ilości do 3 butelek każdego wina ze wszystkich roczników spośród tych, które znajdują się w kolekcji i są w trakcie starzenia. Kolejne butelkowanie win w ICF odbywa się corocznie na mocy decyzji Tasting Panel winnicy. ICF zostaje zachowane na wieczność. Wina ICF mogą być odpisywane tylko na podstawie decyzji organizacji nadrzędnej. Fundusz reklamy i badań (RIF) jest ustanowiony w celu:
- badanie zmian chemicznych, fizycznych i organoleptycznych zachodzących w winach podczas długotrwałego przechowywania w butelkach; ustalenie czasu trwania okresu dojrzewania wina i określenie daty pojawienia się granicy wyższej jakości win różnych gatunków; zapoznanie winiarzy, pracowników THMK i studentów winiarstwa z procesami dojrzewania win butelkowanych w celu doskonalenia ich umiejętności i przygotowania do samodzielnej pracy; udział w salonach, aukcjach, wystawach o charakterze promocyjnym.
Wstępne zaliczenie do RIF odbywa się dla każdego rocznika wszystkich roczników, które są w kolekcji i w procesie starzenia się z 10-letnim badaniem dla wina o wieku 150 lat. Kolejna porcja wina dojrzewającego w RIF jest dodawana każdego roku według uznania Komisji Degustacyjnej. Musi to być minimum 50 butelek z wysokiej jakości win o profesjonalnym okresie dojrzewania. Procedura zużywania RIF (do analizy chemicznej i organoleptycznej): 2 butelki co 10 lat przez okres 150 lat - 30 butelek; 20 butelek do celów promocyjnych na wystawach i aukcjach. Wygaśnięcie i odpisanie win RIF odbywa się na podstawie decyzji komisji degustacyjnej i jest zatwierdzane przez kierownika przedsiębiorstwa (instytucji). Zbiory muzealne oraz fundusz reklamowy i badawczy są przechowywane w oddzielnej galerii. Tworzenie tych funduszy odbywa się w miarę wykonywania prac nad kolekcją. Wymagania dotyczące jakości win w ramach funduszy na badania muzealne i reklamowe są takie same jak w przypadku funduszu komercyjnego. Opieka, konserwacja, ewidencja ilościowa i technologiczna win ze zbiorów muzealnych, reklamowych i badawczych jest taka sama jak win ze zbiorów komercyjnych. Kolekcja handlowa jest ustalona dla butelkowania win przez minimum 3 lata do następującej sprzedaży. Dojrzewanie win w zbiorach handlowych odbywa się z uwzględnieniem ilości wina wycofywanego z dojrzewania i popytu na nie, zgodnie z decyzją komitetu degustacyjnego danego przedsiębiorstwa (instytucji). Wina, które są butelkowane w celu dojrzewania, muszą spełniać wymagania aktualnej dokumentacji normatywnej. Wina, które są butelkowane w celu dojrzewania, korkuje się wysokiej jakości korkami, a szyjki butelek pokrywa się woskiem uszczelniającym lub mieszanką parafiny i wosku. Butelki z winem muszą być stale kontrolowane i ponownie korkowane po 20 latach. Jeśli korki ulegną zniszczeniu przed upływem tego czasu, należy je natychmiast wymienić. Operacja wymiany korka musi być przeprowadzona szybko, z jak najmniejszą ilością napowietrzania wina. Każda partia wina w obszarach ochrony musi posiadać certyfikat z nazwą wina, rokiem zbioru, pojemnością butelki i ilością w każdym obszarze ochrony. Wina kolekcjonerskie są rejestrowane w oznakowanej księdze ilości wina, w której zapisuje się gatunek wina, rocznik, analizę chemiczną, datę rocznika, numer galerii i piwnicy, pojemność butelki oraz ruch wina. Oprócz księgi rejestracji ilościowej istnieje księga techniczna, w której rejestruje się również: charakterystykę klimatyczną roku, procedury technologiczne przygotowania wina, odmianę winorośli, pochodzenie wina, wszystkie wnioski komisji degustacyjnej dotyczące jakości kolekcji win, datę przekazania i ponownego butelkowania. Plantator winorośli odpowiedzialny za zbiór prowadzi rejestr ilościowy i technologiczny. Księga rachunkowa i dziennik techniczny są pod stałym nadzorem głównego winiarza. Winiarz odpowiedzialny za kolekcję musi mieć opis umieszczenia wina w każdej galerii. Przy sprzedaży kolekcji komercyjnej pobierane są dwie butelki do degustacji i analizy chemicznej. Butelka wina kolekcjonerskiego do analizy i degustacji jest pobierana z niszy i przenoszona bez naruszania osadu do laboratorium, ustawiona pionowo co najmniej jeden dzień przed degustacją. Przed tym szyjka butelki jest starannie oczyszczana z substancji smolistych. Tuż przed podaniem wina szyjka butelki jest wycierana do czysta, a wino jest ostrożnie korkowane bez wstrząsania osadem. Następnie wino jest dekantowane do czystej butelki za pomocą syfonu. Gdy wino jest przechowywane, składowane przez dłuższy okres czasu, ponownie zakorkowane lub usunięte ze starzenia, rzeczywiste straty, które wystąpiły, są odnotowywane w sprawozdaniu i zatwierdzane przez dyrektora. Komisja degustacyjna przedsiębiorstwa (zakładu) podejmuje decyzję o zakończeniu przechowywania win kolekcjonerskich i przedstawia propozycje dotyczące ich dalszego wykorzystania. Kolekcja win Massandra reprezentuje zbiór win o tak szerokim zasięgu geograficznym i czasowym, o tak wysokiej jakości, że prawdopodobnie nie ma ich nigdzie indziej na świecie. Najstarszy winiarz "Massandry" L.I. Shleiger pisze w swoich wspomnieniach: "Kolekcje win mają swoją specyfikę. Jeśli wartość starych płócien, powiedzmy, rośnie stale, przez wieki, to wino jest ciekawe, dopóki żyje, dopóki jest w stanie opowiedzieć o sobie całkiem pełną historię. Po pewnym czasie zamieni się w niesmaczny płyn, a wtedy butelka będzie miała większą wartość. Kolekcję stale trzeba uzupełniać o wina z dużym potencjałem, które z czasem mogą rozwinąć ukryte walory... Najlepsze stare próbki Massandry obalają wyobrażenia naukowców o winach. Żyją, mimo że ich termin już dawno minął... Główny winiarz Specyficznego Departamentu Książę L.S. Golicyna w projekcie podziemnej winiarni w Massandrze uwzględnił 8 małych i jedną dużą (Milionową) galerię z kamiennymi niszami dla dojrzewania win w butelkach".